格物社·在线图书馆

简介 人类一直对自己的起源感到好奇：我们究竟从何而来？我们（智人）与那些在我们之前出现的人类又有什么关系？是什么使智人与其他人类不同？ 通过Svante Pääbo教授的开创性研究，他完成了一些看似不可能的事情：对人类的一个已灭绝的亲戚——尼安德特人的基因组进行测序。不仅如此，他还轰动性地发现了一个以前不为人知的人种–丹尼索瓦人(Denisova)。重要的是，Pääbo还发现，这些现已灭绝的人种在大约7万年前离开非洲后，他们的基因转移到了智人身上。这种古老的基因存在于现今人类的体内，并具有生理上的意义，例如影响我们的免疫系统对感染的反应等。 Pääbo的开创性研究催生了一门全新的学科：古基因组学(paleogenomics)。通过揭示区分所有活人和已灭绝人种的基因差异，他的发现为探索什么使智人成为独特的人类提供了基础。 我们从哪里来？ 自古以来，我们从何而来、我们为何独特的问题一直困扰着人类。古生物学和考古学对人类进化的研究非常重要，相关研究提供的证据表明解剖学上的现代人（即智人）最早出现在大约30万年前的非洲。而我们已知的最接近的亲属——尼安德特人，在非洲以外的地方发展起来，从大 ...

作者：我本张逸仙 作者知乎主页链接：Thinker 变分推断 基本思路就是：在概率模型中，经常需要近似难以计算的概率分布。对于所有未知量的推断都可以看作是后验概率的推断（因为贝叶斯公式可以构造）： p(x)=∑p(x∣z)p(z)p(x) = \sum p(x|z)p(z) p(x)=∑p(x∣z)p(z) 对于大量数据而言，马尔可夫蒙特卡洛方法就太慢了，因此就需要用到变分推断法。 这里经常遇到的是两种变量，一个是real data：xxx，还有一个是latent data: zzz​。 那么构造的推断问题就是：输入数据的后验条件概率分布p(z∣x)p(z|x)p(z∣x)​​的得知。通过ELBO的方法，希望找出一个真实的分布q(z)q(z)q(z)，用这个真实的分布来近似代替真实的后验分布p(z∣x)p(z|x)p(z∣x)​。 因此需要优化的是它们的KL散度: q∗(z)=argminq(z)∈QKL(q(z)∣∣p(z∣x))q^*(z) = argmin_{q(z)∈Q}KL(q(z)||p(z|x)) q∗(z)=argminq(z)∈Q​KL(q(z)∣∣p(z∣x) ...

作者：丛雨 审核：白烟   如果你视力极佳，在晴朗且无光污染的夜晚也许能在夜空中看到2500颗以上的恒星，而全天肉眼可见的恒星总数更是接近6000。古人们早已发现，与金木水火土五颗行星相比，绝大多数天体之间的相对位置似乎是永恒不变的，由此便有了“恒星”一词。如今我们已经知道，只是恒星距离遥远而使它们在天球上的运动不易察觉罢了。本文将简略介绍恒星相对天球背景运动的三种方式： 视差 自行 光行差 视差   竖起一根手指放在眼前，分别闭上左眼或右眼，可以发现手指相对背景物体的位置有明显不同，这便是视差的原理：在不同位置观测同一物体产生的方向差异。这不同位置的两点之间的连线是视差基线，两点与目标连线之间的夹角是视差角。显然，测得视差角后对距离的计算只是简单的三角形问题，视差因此也被称作三角视差。   地球绕太阳公转时的位置不停变化，这就满足了产生恒星视差的条件。日地距离是已知的，以日地平均距离1 AU作为视差基线的恒星视差被称为周年视差。如图1所示，由于恒星的距离普遍过于遥远，视差π是极其微小的，此时的tan π ≈ π，然后只需在地球轨道平面（黄道面）中找到一条垂直于该恒星方向的视 ...

作者：未名 审核：未名 前言   1886年卡尔·奔驰制造出世界上首辆三轮内燃汽车，这种汽车和马车的主要区别就是动力系统不同，而现代四轮车的雏形则来源于戴姆勒的灵感。在此后一百多年时间里，随着人们对汽车机动性的需求越来越高，以及审美的嬗变，汽车外形也一直更新换代。从甲壳虫汽车到船型车，再到楔形车，人们总是倾向于使汽车外形阻力更小且兼具美观的方向发展。本文将简单讨论汽车外形与空气动力学的关系。 汽车造型与气动阻力   大气压下汽车均速、水平行驶中的空气动力学阻力由压差阻力和摩擦阻力构成，根据二者占比以及汽车部位不同，空气空气动力学阻力分为形状阻力、诱导阻力、粗糙度阻力和干涉阻力、内循环阻力。而汽车69%的燃油用于克服空气阻力，空气动力学阻力的58%为形状阻力，所以汽车造型对降低其阻力有着至关重要的影响。这里引入风阻系数Cw=F_风阻/(ρ/2 〖v_∞〗^2 A)，其中v_∞为无穷远处的均匀气流与汽车的相对速度，A为汽车正投影面积。图1-1是不同造型汽车相同水平均匀理想气流中水平匀速行驶时的气动阻力系数，可以看出，不同车型的气动阻力系数差异非常大。 图 1- ...

圣奥古斯丁的哲学与神学 作者：Михaїл-А-Булгáкoв☦️ 审核：观复·钧天   圣奥古斯丁是一个著述极其丰富的作家，他的著作主要是关于神学问题。他所写的争论性的文章属于时事问题，即一旦成功之后随即失去其所有意义；但某些文章，特别是关系到裴拉鸠斯教派的文章，却直到现代仍有其现实的影响。我不想论及他所有的作品，我只是把我认为具有内在性的、或历史性的重要论著等作一番考察： 第一：他的纯粹哲学，特别是他的时间论 第二：在《上帝之城》一书中所展示的历史哲学 第三：作为反对裴拉鸠斯教派而提出的有关救赎的理论 纯粹哲学   一般来说，圣奥古斯丁并不专心致力于研究纯粹的哲学，但在他研究过程中，却显示出极其卓越的才能。历史上有许多人，他们纯粹思辨的见解曾受到符合经文必要性的影响，奥古斯丁在这一长串人物中则占据首要位置。然而这种情况对早期基督教哲学家们，例如对欧利根来说，便是不适合的。在欧利根的著述中基督教和柏拉图主义同时并存，且不互相渗透。与此相反，在奥古斯丁的著述中纯粹哲学的独创思想却受到柏拉图主义在某些方面与《创世记》不相协调这一事实 ...

作者：时光 审核：东达   相信很多朋友们第一次接触“程序绘画”是在小学时期信息技术课，课本上介绍了一种名叫海龟绘图（Turtle Graphics）的有趣软件。回想一下，我们是怎么让小海龟运动起来的？答案是：利用代码。1996年，Seymour Papert和Wally Feurzig发明了一种专门给儿童学习编程的语言——Logo语言，我们正是利用这种语言指挥海龟在屏幕上绘图的。然而随着时代的发展，Logo已经渐渐淡出人们的视线，主流的绘图方式也发生了改变。   本文介绍的是如何利用着色器（下文写作Shader）语言达成绘制3*3棋盘格效果，笔者在这里借助了UE4进行演示。如果感兴趣的话可以在Unity或者其他在线渲染网站（例如ShaderToy）中利用本文例举的算法进行尝试。   为什么程序绘画的第一篇文章讲的是棋盘呢？因为棋盘格子的绘制是程序绘画中较为基础的部分，原因是实现这个效果的算法比较简单，可以通过演算轻松的得到结果，对感兴趣但又不是很了解Shader的同学比较友好。不过由于涉及到一些术语，这篇文章推荐有一定计 ...

简述荧光蛋白研究史及其发光机理 作者：极地冰川 审核：未名 摘要   1962年从水母Aequorea victoria中发现并提取出的绿色荧光蛋白（green fluorescent protein，GFP）以及1999年从珊瑚Discosoma genus中发现的红色荧光蛋白（drFP583）现已成为在生物研究中的各个领域最为广泛的蛋白质之一。由于其具有对生物体无毒无害、受特定波长光激发时可高效发射特征荧光、分子量小、易于构建载体以及在多种生物体中均可表达的特性，在众多领域中展现出了广阔的前景。现已有多种荧光蛋白被应用于实际研究中。 荧光蛋白的研究历史   绿色荧光蛋白是第一种被发现的荧光蛋白。1962年，日本科学家下村修从首次从维多利亚多管水母（Aequorea victoria）中发现并分离出了绿色荧光蛋白。起初，绿色荧光蛋白是作为下村修提取水母素的副产物出现。其在阳光下呈现绿色、钨丝下呈黄色强烈，而在紫外光下表现出强烈绿色。通过生物化学的方法和对光谱的研究，下村修初步解析了绿色荧光蛋白的发光机理及发光基团[1]。然而，作为发现 ...

从月球观测到地球相位 作者：丛雨 审核：円岛、时光   从月球上看地球是什么样子的？如果你对于地球、月球及月相有一定的了解，那么也许你能很容易地从这张图片中察觉到一些端倪。这幅游戏截图取自守望先锋的地图“地平线”月球基地，暂且抛开艺术性与视觉效果不谈，我们将从地球和月球入手，简单介绍一些有关天体相位的知识。 图1：守望先锋游戏截图，实际上该图严重夸大了地球的视大小，月球上看到的地球视直径大约1.9度，仅是太阳的3.6倍   天体的相位是由太阳、天体和观测者的相对位置决定的，它反映了我们看到的天体被太阳照亮部分的多少。以大家最熟悉的月相为例，由于日地距离远大于地月距离，我们可以简单地用日–地–月夹角，也就是太阳与月球的角距离来表示月球亮面的可视程度。随着月球与太阳的角距离逐渐改变，月相会按照如下的顺序变化：新月（朔）、上蛾眉、上弦、盈凸、满月（望）、亏凸、下弦、下蛾眉、新月。弦月与太阳分开的角距离约90度，满月与太阳的角距离约180度。   一定相位的月亮相对于太阳的位置是确定的，你可以通过月亮在天空中的方向来判断太阳的 ...

早期希腊哲学 作者：Михaїл-А-Булгáкoв☦️ 审核：Nancy   早期希腊哲学属于整个希腊文化以及所有希腊人，而不仅仅是雅典、斯巴达这样的希腊城邦。早期哲学家的共同特点是使用古希腊语进行思考、表达与交流，将人类理解与解释世界的视角从文明初期的神本转换为以教化为目的的人本，而无论其来自巴比伦、亚述、埃及抑或希腊本土的奥林匹斯诸神权威。   早期希腊哲学经苏格拉底、柏拉图尤其是亚里士多德的选择性解释而被传递给斯多亚学派，在希腊、拉丁教父的手里曾经与新柏拉图主义交汇而被融入基督教学说。例如来自赫拉克利特的逻各斯不仅出现在《约翰福音》开篇，也以其融汇理性、真理、言说、道路的多义性而成为神学的基本概念。但是作为整体的早期希腊哲学如同大多数亚里士多德文献一样在中世纪欧洲默默无闻，直到中世纪中晚期乃至文艺复兴时期，经由古希腊文献的回流以及阿拉伯语文献的拉丁化，早期希腊哲学才重新进入西方学术界的知识视野。   直到19世纪末，德国哲学史家策勒出版《希腊哲学发展史》，英国古代哲学史家、古典学家伯内特出版《早期希腊哲学》， ...

基础的矿物描述用语——该如何读懂一块石头？ 作者：约翰史密斯   大家好，今天我们来分享一些常见的词汇，来描述丰富的矿物的性质。   首先，为什么我们需要学会描述矿物？大地中，有无比丰富的矿藏，在这之中，有很多矿物虽然看起来完全不同，但是却是同一种矿物，有的矿物虽然看起来非常相似，实则成分完全不一。   仅仅通过最简单的外表来判断的话，比如说，大名鼎鼎的“愚人金”:   虽然看起来金灿灿黄闪闪，但是其实和金子毫无联系，仅仅是黄铁矿而已。而且，说到铁矿，我们有赤铁矿、磁铁矿、褐铁矿等等。 所以能够系统的描述某一种矿物有助于我们日后研究比对样本究竟属于何种矿物。   描述一个矿物，我们需要从很多维度入手： 颜色：整体看来，它是什么颜色的？单一还是混合颜色？ 透明度：透明，半透明，不透明？ 材质：看起来有金属光泽，或者如同涂了腊？是否闪闪发光？ 劈理：有没有直来直往的断面？连续或者不连续？ 断面：断面是什么形状的？贝壳形？粗糙吗？形状有规律吗？ 双晶：是否有双晶 ...